Genome Assembly Programming Challenge

Descrizione

Nella primavera del 2011, migliaia di persone in Germania sono state ricoverate in ospedale con una malattia mortale che è iniziata come un'intossicazione alimentare con diarrea sanguinolenta e spesso ha portato a insufficienza renale. Fu l'inizio dell'epidemia più letale della storia recente, causata da un misterioso ceppo batterico che chiameremo E. coli X. Presto, i funzionari tedeschi collegarono l'epidemia a un ristorante a Lubecca, dove quasi il 20% degli avventori aveva ha sviluppato diarrea sanguinolenta in una sola settimana. A questo punto, i biologi sapevano che stavano affrontando un agente patogeno precedentemente sconosciuto e che i metodi tradizionali non sarebbero stati sufficienti: sarebbero stati necessari biologi computazionali per assemblare e analizzare il genoma del patogeno appena emerso.

Per studiare l'origine evolutiva e il potenziale patogeno del ceppo epidemico, i ricercatori hanno avviato un programma di ricerca in crowdsourcing. Hanno rilasciato i dati di sequenziamento del DNA batterico da uno di un paziente, che ha suscitato una raffica di analisi effettuate da biologi computazionali in quattro continenti. Hanno persino utilizzato GitHub per il progetto: https://github.com/ehec-outbreak-crowdsourced/BGI-data-analysis/wiki

L'epidemia tedesca del 2011 ha rappresentato un primo esempio di epidemiologi che collaborano con biologi computazionali per fermare un'epidemia. In questo Genome Assembly Programming Challenge, seguirai le orme dei bioinformatici che studiano l'epidemia sviluppando un programma per assemblare il genoma di E. coli X da milioni di sottostringhe sovrapposte del genoma di E. coli X.

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