Sequenziamento dell'intero genoma dei genomi batterici – strumenti e applicazioni

Descrizione

Questo corso tratterà il tema del sequenziamento dell'intero genoma (WGS) dei genomi batterici che sta diventando sempre più rilevante per il settore medico. La tecnologia e le applicazioni WGS sono in cima all'agenda politica internazionale, poiché i metodi classici vengono sostituiti dalla tecnologia WGS e quindi gli strumenti bioinformatici sono estremamente importanti per consentire alle persone che lavorano in questo settore di essere in grado di analizzare i dati e ottenere risultati che possono essere interpretati e utilizzato per scopi diversi. Il corso fornirà agli studenti una base per comprendere e familiarizzare con le applicazioni WGS nella sorveglianza dei batteri, inclusa l'identificazione delle specie, la tipizzazione e la caratterizzazione dei tratti di resistenza antimicrobica e virulenza, nonché la caratterizzazione dei plasmidi. Darà inoltre l'opportunità agli studenti di conoscere gli strumenti online e su cosa possono essere utilizzati attraverso dimostrazioni su come utilizzare alcuni di questi strumenti ed esercizi da risolvere dagli studenti con l'uso di strumenti di analisi WGS disponibili gratuitamente.

Entro la fine di questo corso dovresti essere in grado di:

1. Descrivere i principi generali nella tipizzazione dei batteri
2. Fornire esempi delle applicazioni del sequenziamento dell'intero genoma alla sorveglianza dei patogeni batterici e alla resistenza antimicrobica
3. Applicare strumenti genomici per la sottotipizzazione e la sorveglianza
4. Definire il concetto di sequenziamento di nuova generazione e descrivere i dati di sequenziamento da NGS
5. Descrivi come eseguire l'assemblaggio de novo dalle letture grezze ai contig
6. Enumerare i metodi alla base degli strumenti per l'identificazione delle specie, la tipizzazione MLST e il rilevamento dei geni di resistenza
7. Applicare gli strumenti per l'identificazione delle specie, la tipizzazione MLST e il rilevamento del gene di resistenza in casi reali di altri genomi batterici e patogeni.
8. Descrivere i metodi alla base degli strumenti per la tipizzazione di Salmonella ed E. coli, il rilevamento dei repliconi plasmidici e la tipizzazione dei plasmidi
9. Utilizzare gli strumenti per la tipizzazione di Salmonella ed E. coli, il rilevamento dei repliconi plasmidici e la tipizzazione plasmidica in casi reali di altri genomi batterici e patogeni.
10. Spiegare il concetto ed essere in grado di utilizzare la pipeline di analisi batterica integrata per l'analisi batch e la tipizzazione dei dati genomici
11. Dimostrare come costruire un albero filogenetico basato su SNP
12. Applicare lo strumento filogenetico per costruire alberi filogenetici e spiegare la correlazione di ceppi batterici o patogeni
13. Descrivi come creare il tuo database di sequenze
14. Utilizzare lo strumento MyDbFinder per rilevare i marcatori genetici di interesse dal sequenziamento dell'intero genoma