Metagenomica applicata alla sorveglianza dei patogeni e alla resistenza antimicrobica

Descrizione

Il campo della metagenomica e del sequenziamento dell'intera comunità è un'area promettente per svelare il contenuto delle comunità microbiche e il loro rapporto con le malattie e la resistenza antimicrobica nella popolazione umana. Gli strumenti bioinformatici sono estremamente importanti per dare un senso ai dati metagenomici, stimando la presenza di agenti patogeni e determinanti della resistenza antimicrobica in campioni complessi. Insieme a dati esplicativi rilevanti, la metagenomica è un potente strumento per la sorveglianza.

In questo corso, insegniamo il potenziale della metagenomica per la sorveglianza e forniamo agli studenti una panoramica dei passaggi e delle considerazioni in uno studio di metagenomica. Dopo questo corso, gli studenti sapranno:

- la differenza tra i concetti di metagenomica e altre genomiche microbiche
- la necessità di utilizzare i controlli in diverse fasi di uno studio di metagenomica
- i vantaggi della metagenomica per la sorveglianza della resistenza antimicrobica
- come la progettazione del campionamento, la dimensione del campione, il materiale del campione e la manipolazione del campione influenzano il risultato di uno studio di metagenomica
- elaborazione del campione per la metagenomica batterica e virale
- diverse piattaforme di sequenziamento e loro possibilità riguardo alla metagenomica
- le fasi coinvolte in uno studio di metagenomica generale, compreso il controllo di qualità, la mappatura su diversi database e l'analisi del conteggio delle letture
- i principi alla base dei vari strumenti disponibili per l'analisi dei dati metagenomici
- come interpretare i risultati della classificazione di lettura
- la necessità dell'epidemiologia nella sorveglianza
- il concetto di sorveglianza globale e integrata
- le sfide per l'uso della metagenomica nella sorveglianza
- il potenziale della metagenomica per la sorveglianza

Non vediamo l'ora di darti il benvenuto!