Inferenza statistica e modellistica per esperimenti ad alto rendimento

Descrizione

In questo corso imparerai vari argomenti statistici tra cui problemi di test multipli, tassi di errore, procedure di controllo del tasso di errore, tassi di false scoperte, valori q e analisi esplorativa dei dati. Introduciamo quindi la modellazione statistica e il modo in cui viene applicata ai dati ad alto rendimento. In particolare, discuteremo le distribuzioni parametriche, tra cui binomiale, esponenziale e gamma, e descriveremo la stima di massima verosimiglianza. Forniamo diversi esempi di come questi concetti vengono applicati nei dati di sequenziamento e microarray di nuova generazione. Infine, discuteremo modelli gerarchici e bayes empirici insieme ad alcuni esempi di come questi vengono utilizzati nella pratica. Forniamo esempi di programmazione R in un modo che aiuterà a stabilire la connessione tra concetti e implementazione. Data la diversità nel background educativo dei nostri studenti, abbiamo diviso la serie in sette parti. Puoi seguire l'intera serie o singoli corsi che ti interessano. Se sei uno statistico dovresti considerare di saltare i primi due o tre corsi, allo stesso modo, se sei biologo dovresti considerare di saltare alcune delle lezioni introduttive di biologia. Si noti che le statistiche e gli aspetti di programmazione della classe aumentano in modo relativamente rapido nei primi tre corsi. Dal terzo corso si insegneranno concetti statistici avanzati come i modelli gerarchici e dal quarto abilità avanzate di ingegneria del software, come il calcolo parallelo e concetti di ricerca riproducibili. Questi corsi compongono 2 serie XS e sono di autoapprendimento: PH525.1x: Statistica e R per le scienze della vita PH525.2x: Introduzione ai modelli lineari e all'algebra matriciale PH525.3x: Inferenza statistica e modellazione per esperimenti ad alto rendimento PH525.4x : Analisi dei dati ad alta dimensione PH525.5x: Introduzione al bioconduttore: annotazione e analisi di genomi e saggi genomici PH525.6x: Calcolo ad alte prestazioni per la genomica riproducibile PH525.7x: Casi di studio in genomica funzionale Questa classe è stata supportata in parte da NIH concedere R25GM114818.