Confronto di geni, proteine e genomi (Bioinformatica III)

Descrizione

Dopo aver sequenziato i genomi nel corso precedente, vorremmo confrontarli per determinare come si sono evolute le specie e cosa le rende diverse.

Nella prima metà del corso confronteremo due brevi sequenze biologiche, come geni (cioè brevi sequenze di DNA) o proteine. Incontreremo un potente strumento algoritmico chiamato programmazione dinamica che ci aiuterà a determinare il numero di mutazioni che hanno separato i due geni / proteine.

Nella seconda metà del corso, faremo uno "zoom indietro" per confrontare interi genomi, dove vediamo mutazioni su larga scala chiamate riarrangiamenti del genoma, eventi sismici che si sono sollevati attorno a grandi blocchi di DNA nel corso di milioni di anni di evoluzione. Guardando i genomi umani e dei topi, ci chiederemo: proprio come è molto più probabile che i terremoti si verifichino lungo le linee di faglia, ci sono posizioni nel nostro genoma che sono "fragili" e più suscettibili di essere spezzate come parte di riarrangiamenti del genoma? Vedremo come gli algoritmi combinatori ci aiuteranno a rispondere a questa domanda.

Infine, imparerai come applicare i più diffusi strumenti software di bioinformatica per risolvere i problemi nell'allineamento delle sequenze, incluso BLAST.