Bioinformatica delle piante | La rete universitaria

Descrizione

Gli ultimi 15 anni sono stati entusiasmanti per la biologia vegetale. Sono stati sequenziati centinaia di genomi vegetali, l'RNA-seq ha consentito la creazione di profili di espressione a livello di trascrittoma e la proliferazione di metodi basati su "-seq" ha consentito di determinare le interazioni proteina-proteina e proteina-DNA in modo economico e ad alto rendimento maniera. Questi set di dati a loro volta ci consentono di generare ipotesi con un clic del mouse. Ad esempio, sapere dove e quando un gene è espresso può aiutarci a restringere lo spazio di ricerca fenotipica quando non vediamo un fenotipo in un gene mutante in condizioni di crescita "normali". Le analisi di coespressione e le reti di associazione possono fornire geni candidati di alta qualità coinvolti in un processo biologico di interesse. L'utilizzo dell'analisi dell'arricchimento di Gene Ontology e degli strumenti di visualizzazione dei percorsi può aiutarci a dare un senso ai nostri esperimenti omici e rispondere alla domanda "quali processi / percorsi vengono perturbati nel nostro mutante di interesse?"

Struttura: ciascuno dei moduli pratici di 6 settimane consiste in un'introduzione di ~ 2 minuti, una mini-lezione teorica di ~ 20 minuti, un laboratorio pratico di 1.5 ore, una discussione di laboratorio opzionale di ~ 20 minuti in caso di difficoltà con lab, e un riassunto di ~ 2 minuti.

Strumenti coperti:
Modulo 1: DB GENOMICI / ALBERI GENE PRECOMPUTATI / STRUMENTI PROTEICI. Araport, TAIR, Gramene, EnsemblPlants Compara, PLAZA; SUBA4 e Cell eFP Browser, 1001 Genomes Browser
Modulo 2: STRUMENTI DI ESPRESSIONE. eFP Browser / eFP-Seq Browser, Araport, Genevestigator, TravaDB, NCBI Genome Data Viewer per esplorare i dati RNA-seq per molte specie di piante diverse da Arabidopsis, database MPSS per piccoli RNA
Modulo 3: STRUMENTI DI COESPRESSIONE. ATTED II, Expression Angler, AraNet, AtCAST2
Modulo 4: ANALISI DELLA PROMOZIONE. Cistome, Athena, ePlant
Modulo 5: GO ANALYSIS DI ARRICCHIMENTO E VIZUALIZZAZIONE DEL PERCORSO. AgriGO, AmiGO, SuperViewer di classificazione, TAIR, g: profiler, AraCyc, MapMan (opzionale: Plant Reactome)
Modulo 6: ESPLORAZIONE DI RETE. Arabidopsis Interactions Viewer 2, ePlant, TF2Network, Virtual Plant, GeneMANIA

[Materiale aggiornato a giugno 2019]